電泳槽是凝膠電泳系統的核心部分，其系統的迅猛發展主要也是體現在電泳槽上。根據電泳的原理，凝膠都是放在兩個緩沖腔之間，電場通過凝膠連接兩個緩沖腔。緩沖液和凝膠之間的接觸可以是直接的液體接觸，也可以間接通過凝膠條或濾紙條。
電泳槽的常見故障及解決方法：
一、手工粘接電泳槽的鉑金電極孔處漏液
該處可能是因為電泳槽工作時間較長所至，對此應使用堵漏膠(稠合液)進行封堵即可。
二、模具水平電泳槽電極孔處漏液
檢查電極下的密封圈是否被螺絲擰緊在正確位置或已經損壞。如有損壞需更換密封膠圈。
三、電泳槽有機板粘接處漏液或開膠
有機板開膠此類情況不宜發生，若發現開膠我們可以就地取材使用CHCl3進行局部粘接，等膠粘劑凝固后再用堵漏膠粘劑(稠合液)進行封堵即可。
四、電泳槽密封條漏液(垂直槽)
一般情況下，電泳槽較窄的密封條不易漏夜，反之較寬的則比較容易漏，此時先檢查：
1、密封條是否老化或損壞，若已經老化或損壞，應更換密封條。
2、如果密封條完好無損，目測檢查密封條是否有凹凸不平現象，如果有應將密封條拆下進行重新安裝。安裝時注意不要拉扯密封條，使其自然地嵌入密封槽內，并保證安裝均勻，避免密封條出現凹凸現象。
3、如果緩沖液是從密封條的中間漏出，則說明漏處比兩邊凹(不在同一水平線上)，我們則需要把密封條拆下，清理干凈槽內膠粘劑，然后再將薄厚相當的窄邊條(如0.4毫米)粘在槽內，以墊起凹下的密封條，使其與兩邊保持一致，此后再將密封條粘在槽內即可。
五、電泳槽內無電流(鉑緊電極上無氣泡)
1、首先利用萬用表檢查電泳儀有無輸出電壓(注意選擇直流電壓擋，輸出不得超過量程，以免損壞萬用表)
2、利用萬用表電阻擋檢查電泳輸出線是否導通。
3、利用萬用表電阻擋檢查電泳槽電極插座與鉑金絲之間是否可靠導通，重點檢查輸出插座與插頭是否與連接鉑金絲的焊片緊密連接，如發現松動請使用尖嘴鉗將其緊固即可，完畢進行檢測若還沒有電流則檢查鉑金絲是否斷裂，若鉑金絲有斷裂跡象則用電烙鐵將其焊接，首先將助焊劑涂在鉑金絲上再用電烙鐵粘上焊錫將斷裂的兩段鉑金絲焊連即可。
六、鋁扳散熱效果不佳
先檢測鋁板與玻璃板之間有無縫隙，若有縫隙首先應緊固螺栓，如果經堅固螺栓仍無法使鋁板與玻璃板帖平，可將鋁板拆下清理上面的污垢，根據縫隙的大小用相應厚度的墊片將鋁板墊起，并保證鋁板的四邊平整(墊平后的鋁板平面應低于密封條3-4毫米)。
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